租赁土地盖厂房拆迁时，补偿款的分配需依据租赁协议及相关法律规定。若租赁协议中对拆迁补偿事宜有明确约定，应按照协议执行。若协议未约定，通常情况下，厂房重置成新价（按重建成本减折旧计算）、机器设备等可移动财产补偿（依实际价值评估）、停产停业损失补偿（以停产停业利润损失结合经营规模等确定）、搬迁费用补偿（含人工、运输费等）等，承租人可争取相应份额。土地使用权补偿一般归土地出租方，但如果承租人对土地进行了改良投入，也可主张一定补偿。​

案例：甲公司租赁乙村集体土地建造了厂房用于生产。在租赁期内，厂房因城市建设需要面临拆迁。甲公司与乙村在租赁合同中未对拆迁补偿进行约定。拆迁方给予了包括厂房价值、设备搬迁、停产停业等多项补偿。甲公司认为自己对厂房建设及经营投入巨大，应获得大部分补偿。乙村则认为土地是自己的，应获得主要补偿。双方经多次协商，并在相关部门调解下，最终根据甲公司对厂房的投入及经营损失情况，以及乙村的土地权益，合理分配了补偿款。​

法律分析：在租赁土地建房的情况下，涉及土地使用权人和房屋建造、使用人的权益。根据《中华人民共和国民法典》中租赁合同相关规定，租赁双方的权利义务应依合同约定。无约定时，从公平原则及实际投入、损失情况出发，承租人对厂房建设及经营产生的损失应得到补偿，土地出租方基于土地所有权也应获得相应补偿。集体土地相关法律法规规定了集体土地征收的条件和程序，在拆迁补偿时需综合考虑各方权益。​

律师建议：在租赁土地盖厂房前，租赁双方应在租赁合同中详细约定拆迁补偿的分配方式。若合同未约定且遇到拆迁，双方应保持理性，积极协商。承租人要保留好对厂房建设、设备购置、经营投入等方面的证据，如建设合同、设备购买发票、经营财务报表等，以便在协商或法律程序中主张自己的权益。若协商不成，可通过法律途径解决，由法院根据具体情况依法判决补偿款的分配。​